Na początku misją firmy było opracowywanie nowych leków, które później mogła sprzedawać innym firmom farmaceutycznym. Fundamentem firmy była genomika, badanie odpowiedzi na lek na poziomie ekspresji genowej oraz wykorzystanie uzyskanych wyników w identyfikacji potencjalnych biomarkerów. Te założenia nie zmieniły się również po przejęciu firmy przez Takeda.

W 2005 roku prezesem Millenium zostaje Deborah Dunshire, która poza doświadczeniem stricte farmaceutycznym i przywódczym, wniosła do firmy cząstkę biznesu. Millennium odnosi sukces rynkowy dzięki odkryciu i sprzedaży Velcade (bortezomib – inhibitor proteasomu, kompleksu enzymatycznego odgrywającego ważną rolę w wewnątrzkomórkowej degradacji białek uczestniczących w regulacji cyklu komórkowego, aktywacji czynników transkrypcji oraz apoptozie. Wskazany w leczeniu nawrotowego/opornego szpiczaka mnogiego). Ponad 100,000 pacjentów z 87 krajów było leczonych Velcade. Światowa sprzedaż w 2008 roku została oszacowana na ponad miliard dolarów.

We wczesnych latach funkcjonowania, Millennium prowadziło badania wielokierunkowe, w kilku grupach terapeutycznych jednocześnie. Przez ostatnie 7-8 lat, działania firmy skupiły się głównie na onkologii. Kilka lat po sukcesie Velcade, homeostaza białek pozostaje głównym obszarem zainteresowania Millennium z całym zapleczem programów badawczych zorientowanych na zrozumienie szlaków proteasomowych i poszukiwanie odpowiedzi na pytanie: czy zahamowanie proteasomu nie spowoduje niespecyficznych, plejotropowych efektów w komórce?