Przeprowadzamy izolację białek z substancji czynnej, medium pofermentacyjnego oraz płynów biologicznych z wykorzystaniem elektroforezy żelowej, wysokosprawnej chromatografii cieczowej HPLC i kolektora frakcji lub UFLC, także w tandemie ze spektrometrem mas 4000 QTRAP LC/MS/MS. Dysponujemy również aparatem Tempo™ LC MALDI Spotting System (Applied Biosystems), umożliwiającym rozdział i frakcjonowanie prób w nanoobjętościach. Uzyskane frakcje zdeponowane na stalowym nośniku mogą być w kolejnych krokach analizowane na 4800 Plus MALDI-TOF/TOF (Applied Biosystems). Ponad to wykonujemy oczyszczanie i zagęszczanie prób na złożu typu RP-18/RP-4 (np.: ZipTip® C18, ZipTip® C4, PepClean™ C-18 Spin Column) lub z wykorzystaniem koncentratorów typu U–Tube™ i innych.
Wyizolowane białka w postaci roztworu lub prążków żelowych barwionych Coomassie Blue poddajemy identyfikacji bazując na analizie MS/MS peptydów powstałych w wyniku proteolizy badanego białka z wykorzystaniem dedykowanego enzymu (np.: trypsyna, Glu-C, Lys-C, Asp-N). Proces prowadzony jest w oparciu o przeszukiwanie baz danych sekwencji białkowych z użyciem systemu MASCOT®. Przed przystąpieniem do trawienia, mostki dwusiarczkowe w białkach zazwyczaj poddawane są redukcji i alkilacji.