Jako największe zagrożenie spowodowane produkcją biopaliw Federacja podaje wzrost cen surowców rolnych i produktów żywnościowych - do produkcji biopaliw pierwszej generacji stosowane są oleje roślinne, zboża, rośliny bogate w skrobię. Zdaniem Federacji, wzrost cen produktów rolnych może osiągnąć poziom od 16 do 60% i będzie on powiązany ze spadkiem konkurencyjności polskiego i unijnego przetwórstwa żywności oraz z destabilizacją rynku surowców.

Według PFPŻ, utrzymanie przez polski rząd obowiązujących poziomów wskaźnikowych może jedynie pogłębić obecne problemy polskiej gospodarki i w konsekwencji doprowadzić do poważnego pogorszenia się kondycji finansowej całego sektora. Ponadto, Federacja uznaje rozwój rynku biopaliw I generacji za negatywny pod względem społecznym, przestrzegając między innymi przed powiększającym się odsetkiem niedożywionych dzieci w Polsce.

W ubiegłym miesiącu Stanisław Rosnowski, prezes firmy Elstar Oils (zajmującej się produkcja biokomponentów), w wywiadzie udzielonym "Rynkowi Spożywczemu" stwierdził, że obwinianie biopaliw za rosnące ceny żywności jest nadużyciem. Jako główne powody galopujących cen podał on wzrost spożycia żywności w krajach rozwijających się, przyczyny klimatyczne oraz działania spekulacyjne na rynku surowców. Prezes Rosnowski zaznaczył, że  na potrzeby rynku biopaliw przeznacza się obecnie około 2% całkowitej powierzchni uprawnej.


W ankiecie internetowej przeprowadzonej przez Ugrupowanie Socjalistyczne w Parlamencie Europejskim, 84% respondentów odpowiedziało przecząco na pytanie: "Czy promowanie produkcji biopaliw jest przyczyną rosnących cen żywności na rynkach światowych?". 14% ankietowanych odpowiedziało "tak", a 2% nie miało zdania. W badaniu wzięło udział 509 internautów.

Wicepremier i minister gospodarki, Waldemar Pawlak, stwierdził niedawno, że w perspektywie czasu biopaliwa I generacji zostaną zastąpione technologiami II generacji, w szczególności opierającymi się na celulozie.

Jednak rozwój technologii drugiej generacji w Europie jest póki co znikomy. Inaczej sytuacja wygląda w Stanach zjednoczonych, gdzie pokaźne sumy, pochodzące zarówno ze środków prywatnych, jak i publicznych, przeznaczane są na badania nad biopaliwami celulozowymi, przede wszystkim bioetanolem. Wdrażanie na rynek biopaliw ma nie tylko ograniczyć negatywne efekty klimatyczne, ale również spowodować dywersyfikację dostaw paliw i przynajmniej częściowe uniezależnienie energetyczne od krajów trzecich. Jeśli Unia Europejska chce zachować przynajmniej pozory niezależności energetycznej, jest póki co skazana na biopaliwa I generacji. Przykład krajów jak USA oraz Brazylia wskazuje na to, że nowych technologii w dziedzinie paliw i energetyki nie należy się obawiać, gdyż są one koniecznością w przypadku krajów, które nie posiadają złóż ropy na tyle pokaźnych, aby mogły one funkcjonować bez konieczności importu paliw.