Amfoterycyna jest stosowana jedynie w lecznictwie zamkniętym, pod kontrolą lekarza. Najczęściej zgłaszane objawy niepożądane to uszkodzenia nerek i negatywny wpływ na funkcjonowanie wątroby. Badacze z wielkiej Brytanii przeprowadzili badania na zwierzętach, których efekty sugerują, że może ona mieć także negatywny wpływ na zdrowie układu oddechowego. Ściślej chodzi o infekcję wirusem grypy. Lek ingeruje w to, jak organizm broni się przed wirusem. Poprzednie badania wykazały, że białko IFITM3 (Interferon-induced transmembrane protein 3, indukowane interferonem białko transmembranowe 3) odgrywa kluczową rolę w obronie indukowanej przez układ odpornościowy przy kontakcie z wirusem świńskiej grypy. Wówczas podwyższony poziom wspomnianego białka pomaga utrzymać niski poziom wiremii, zapobiegając namnażaniu się wirusów.  

Badania na zwierzętach wykazały, że lek oprócz właściwości przeciwbakteryjnych wykazuje prawdopodobnie jeszcze inne działanie – niszczy IFIM3, pozostawiając organizm podatny na grypę. Skutki, jakie lek wywołuje u ludzi są nadal niepewne, ale lekarze wezwali do dokonania ich oceny jako "pilne". Przez amfoterycynę B dochodzi do inaktywacji naturalnych mechanizmów obronnych przeciwko wirusowi grypy – stąd łatwiej dochodzi do namnażania. Jak tłumaczy Prof Abraham Brass z uniwersytetu z Massachusetts, badania nie potwierdzają, że takie oddziaływanie mogą przełożyć się na znaczenie kliniczne dla pacjentów – ludzi. Bez wątpienia sugerują jednak, że niektóre sytuacje wymagają zachowania ostrożności – zwłaszcza wśród pacjentów z nowotworami w trakcie leczenia, których układ odpornościowy i tak jest osłabiony.