1 października 2002 roku senat UJ powołał Wydział Biotechnologii na bazie istniejącego Instytutu Biologii Molekularnej i Biotechnologii. Jest to obecnie najmłodszy wydział UJ. Biotechnologia to jednak przede wszystkim działalność mająca na celu tworzenie i wdrażanie nowych (bio)technologii. Temu celowi ma służyć Jagielloński Park i Inkubator Bio-Technologiczny założony przy Uniwersytecie. Organizacją i zarządzaniem Parku zajmuje się utworzona przez UJ firma - Spółka Jagiellońskie Centrum Innowacji Sp. z o.o. Jest ona w 100% własnością UJ. Wynikiem śmiałych i konsekwentnych działań na rzecz faktycznego rozwoju biotechnologii jest także grant w wysokości 40 mln zł uzyskany w ramach funduszy strukturalnych (SPO-WKP) na sfinansowanie projektu Parku technologicznego i Inkubatora. Koszt realizacji całości projektu szacuje się na ok. 50 mln zł. Brakująca kwotę 10 mln ma dołożyć Uniwersytet ze środków własnych. W ramach realizacji tego projektu planowana jest budowa budynku o powierzchni 5 tyś m², w którym znajdą pomieszczenia specjalistyczne laboratoria badawczo-wdrożeniowe. Inwestycja ma być zlokalizowana w specjalnej strefie ekonomicznej w Krakowie w okolicach III Kampusu w Pychowicach.