Argumentami za utrzymywaniem niezgodności z prawem wspólnotowym są:
- niechęć społeczeństwa polskiego do GMO,
- konieczność zapobiegania szkodom, jakie może spowodować uwolnienie GMO do środowiska,
- konieczność zapobiegania zanieczyszczeniom przez GMO upraw tradycyjnych i ekologicznych.

Wśród możliwych konsekwencji utrzymania lub wprowadzania nowych przepisów niezgodnych z prawem UE trzeba wskazać na:
- Kary pieniężne w wyniku postępowania przed ETS,
- Odszkodowania wypłacane z budżetu państwa w wyniku skutecznych pozwów cywilnych wnoszonych do sądów krajowych,
- Przegrane postępowanie w ramach procedur WTO przeciwko Wspólnocie,
- Negatywne skutki ekonomiczne dla rolnictwa,
- Koszty administracyjne egzekwowania prawa niezgodnego z prawem UE,
- Zablokowanie niektórych obszarów rozwoju nauki polskiej.

Należy jednak podkreślić, że realizacja strategicznego celu Rządu, jakim jest ograniczanie użycia GMO w Polsce, nie musi odbywać się przez łamanie prawa UE. Co więcej, ramowe stanowisko Rządu wyklucza takie działanie. Dlatego należy również odnotować sposoby ograniczania użycia GMO, które nie są sprzeczne z prawem UE:
- Określenie restrykcyjnych zasad koegzystencji,
- Aktywny udział w procesie wprowadzania na rynek UE poszczególnych rodzajów GMO,
- Wprowadzanie derogacji dla zastosowania w Polsce poszczególnych rodzajów GMO, które zostały już dopuszczone do użycia w Unii Europejskiej,
- Nawiązanie współpracy z innymi państwami członkowskimi,
- Promowanie dobrowolnych inicjatyw dla tworzenia obszarów wolnych od GMO.

Więcej nt. niezgodności projektu ustawy o GMO z prawem wspólnotowym w dziale Opinie.