Bardzo ciekawy metodyczny artykuł można przeczytać w ostatnim elektronicznym wydaniu Nature Protocols. Opisuje on metodę pirosekwencjonowania. Pirosekwencjonowanie jest metodą opierającą się na sekwencjonowaniu prez syntezę która ilościowo monitoruje inkorporację nukleotydów w czasie rzeczywistym. Jej zasada opiera się na enzymatycznej przemianie uwolnionych pirofosforanów w sygnał świetlny. pomiary ilościowe mają szczególne znaczenie dla analizy metylacji DNA w warunkach patologicznych. Analiza wzorców metylacji prowadzona przez pirosekwencjonowanie łączy ze sobą prosty protokół reakcji z powtarzalnymi i dokładnymi pomiarami stopnia metylacji kilku motywów CpG w połączeniu z ilościową wysokorozdzielczą analiza przyrostu ilości produktu. Po dodaniu dwusiarczynów i reakcji PCR, stopień poszczególnych metylacji w kolejnych pozycjach CpG w sekwencji jest określany przez stosunek T do C. Proces oczyszczania i sekwencjonowania może być powtórzony dla określonego wzorca do analizy innych motywów CpG w otrzymanym wcześniej produkcie amplifikacji. Ilościowa analiza epigenotypów jest osiągana poprzez użycie opisywanego protokołu w czasie 4h dla około 96 prób badanych traktując jako materiał badany potraktowane dwusiarczynami DNA.


Nature Protocols