Od 2001r. nagrody Kryształowych Brukselek przyznawane są najbardziej aktywnym polskim uczestnikom programów ramowych UE. Kandydaci oceniani są na podstawie liczby złożonych wniosków, liczby przyjętych wniosków, typu projektów, wysokości współfinansowania przez UE oraz liczby koordynowanych projektów.

W 2006r. zwycięzcą w kategorii szkół wyższych został Uniwersytet Jagielloński, zaangażowany w 44 projekty 6.PR, głównie z dziedziny nauk biomedycznych, chemicznych i fizycznych, a także humanistycznych. Natomiast nagroda dla najlepszego MŚP przypadła Instytutowi Technik Telekomunikacyjnych i Informatycznych (ITTI).

Pozostali zwycięzcy to: Instytut Fizyki Jądrowej PAN w kategorii najlepszych jednostek naukowo-badawczych Polskiej Akademii Nauk, Instytut Medycyny Pracy im. J. Nofera w kategorii najlepszych jednostek badawczo-rozwojowych oraz Comarch w kategorii dużych przedsiębiorstw.

Przyznano również nagrodę indywidualną za aktywne uczestnictwo w projektach i ich koordynowanie, pracę w komitetach programowych i grupach eksperckich, udział w promowaniu programów badawczych i własnych inicjatyw. Zwycięzcą został Tomasz Golec z Instytutu Energetyki w Warszawie.

Uroczystość zakończyła się wręczeniem Specjalnej Nagrody Kryształowej Brukselki Markowi Dareckiemu, przewodniczącemu Komitetu Koordynacyjnego Polskich Platform Technologicznych, „za pionierskie działania na rzecz wzmocnienia współpracy między nauką a przemysłem”.