HFSP wspiera badania naukowe w formie różnego typu grantów i stypendium. Podstawowym kryterium oceny projektu badawczego jest jego wartość naukowa, a ponadto jego charakter interdyscyplinarny i innowacyjny.

Najważniejszymi formami wsparcia finansowego są program grants i young investigator grants. Finansowanie każdego typu grantu trwa 3 lata i jego wysokość zależy jedynie od tego ile interdyscyplinarnych zespołów ma pracować nad realizacją projektu badawczego. W przypadku, gdy są to dwa, trzy, cztery (i więcej) zespoły badawcze, finansowanie wynosi odpowiednio 250 tys., 350 tys. i 450 tys. dolarów co roku do podziału pomiędzy wykonawców projektu badawczego. W przypadku program grants nie ma żadnych ograniczeń wiekowych, natomiast w przypadku young investigator grants konieczne jest, aby kierownicy zespołów badawczych pełnili tę funkcję mniej niż 5 lat. HFSP nie wymaga udokumentowania projektu badawczego wynikami wstępnymi, nie przygotowuje się kosztorysu projektu, harmonogram badań jest bardzo ograniczony. Krótkie listy intencyjne składa się do HFSP do końca marca każdego roku, a po wstępnej akceptacji projektu przez międzynarodowy komitet recenzentów do połowy września przygotowuje się pełen wniosek grantowy. Informacje o przyznaniu grantu uzyskuje się w marcu następnego roku. HFSP wspiera także finansowo wyjazdy krótkoterminowe i długoterminowe. Short-term fellowshis wspierają wyjazdy młodych naukowców na okres od 2 tygodni do 3 miesięcy, których celem jest nauczenie się nowych technik badawczych i nawiązanie współpracy naukowej. Wysokość wsparcia finansowego zależy od kraju, do którego stypendysta wyjeżdża. Long-term fellowships może trwać do 3 lat, a wysokość stypendium wynosi rocznie 36 tys. dolarów oraz 7 tys. dolarów na prowadzenie badań w wybranym ośrodku badawczym. Stypendia przyznawane są głównie młodym i utalentowanym badaczom, którzy odbywają staże podoktorskie. Fundusze przyznane na ostatni rok trwania stypendium, stypendysta może wykorzystać także w swoim kraju macierzystym, na rozpoczęcie badań własnych. Ostania forma wsparcia przez HFSP to career development awards. Wymogiem ubiegania się o ten typ wsparcia finansowego jest wcześniejsze otrzymanie long-term fellowships z HFSP, a celem jest pomoc młodemu uczonemu, który wraca ze stażu podoktorskiego w rozpoczęciu samodzielnych badań naukowych we własnym kraju. W tym przypadku wysokość finansowania wynosi 180 tys. dolarów na okres 2-3 lat. Szczegółowe informacje oraz wzory formularzy dostępne są na stronie internetowej HFSP www.hfsp.org.