Misją projektu jest  ułatwienie społecznościom naukowym oraz lekarskim interpretacji sekwencji ludzkiego genomu w celu zrozumienia biologii człowieka . W skład konsorcjum do spraw Encykoledii DNA wchodzą naukowcy z największych światowych ośrodków badawczych oraz naukowych. Różne metody eksperymentalne mają na celu dokładne opisanie 3 miliardów par zasad ludzkiego DNA.  Badania polegają również na opisaniu dokładnego mechanizmu działania regionów regulatorowych a także białek wiążących DNA.

Jak podkreślają twórcy projektu interpretacja sekwencji genomu jest jednym z najważniejszych wyzwań 21 wieku.  Działania podjęte w 2003 roku przez National Human Genome Institute zostały rozszerzone kilka lat później o projekt ENCODE .

Zakłada się że część ludzkiego genomu , od 3% od 8% par zasad posiada bledną klasyfikację. Realizacją  założeń  projektowych zajęło się 27 instytucji  których praca skupiła się na generowaniu różnych uzupełniających się typów genomu. Jednostki badawcze zajmą się również identyfikacją i kwantyfikacją RNA w komórkach oraz mapowaniem regionów kodujących białka .

Jednym z założeń projektów jest wysoka jakość danych stąd też duży nacisk na stosowanie norm powtarzalności danych.ENCODE ma określone standardy dotyczące gromadzenia i przetwarzania każdego typu danych. Normy te obejmują wszystkie najważniejsze elementy eksperymentalne, w tym warunki wzrostu komórek, charakterystyki przeciwciał, wymagania w zakresie kontroli  a także oceny powtarzalności.  Wszystkie zaszyfrowane dane są weryfikowane przez zespół kontroli jakości danych w Centrum Koordynacji przed dopuszczeniem do publicznej wiadomości. Eksperymenty są uważane za zweryfikowane , gdy dwa wysoce zgodne biologicznie powtórzenia zostały uzyskane z tej samej techniki eksperymentalnej. 

Ponadto, jednym z kluczowych celów jakości ENCODE jest zapewnienie weryfikacji wyników na różnych poziomach, które mogą zostać w każdym momencie potwierdzone w trakcie prowadzenia różnych operacji jednostkowych.

Red. Agata Bednarek