Funkcją układu immunologicznego jest sprawna identyfikacja oraz likwidacja czynników chorobotwórczych atakujących organizm, przy równoczesnym zachowaniu tolerancji na własne żywe i zdrowe komórki oraz tkanki.

Na funkcję obronną układu immunologicznego składa się wiele skomplikowanych procesów. Patogeny wciąż udoskonalają swoje strategie ataku, dlatego też w toku ewolucji organizmy wielokomórkowe wykształciły zróżnicowane mechanizmy obronne, które możemy podzielić na nieswoiste (ang. nonspecific)/wrodzone (ang. innate) i swoiste (ang. specific)/nabyte (ang. adaptive).

Pierwszą strefę obronną organizmu, będącą równocześnie pierwszą barierą odporności wrodzonej, stanowią skóra, błony śluzowe oraz bakteriobójcze i bakteriostatyczne substancje przez nie wydzielane (np. lizozym, defensyny). Dodatkową ochroną przed atakiem stanowi również niskie pH skóry i żołądka, a także naturalna flora bakteryjna i wszystkie substancje przez nią wytwarzane.

W sytuacji przedostawania się patogenów przez omówioną wyżej pierwszą barierę fizjologiczną, uruchamiane zostają bardziej skomplikowane mechanizmy wrodzonego systemu odpornościowego - druga linia obrony. Zaindukowane komórki i cząsteczki odporności wrodzonej reagują bardzo szybko. Do komórek biorących udział w mechanizmach nieswoistych zaliczane są przede wszystkim komórki fagocytujące, zdolne do pochłaniania obcych substancji i komórek (w tym makrofagi, granulocyty obojętnochłonne i monocyty), układ dopełniacza oraz szereg mediatorów takich jak cytokiny czy chemokiny.

Wywołana przez nie reakcja czasami jest tak silna, że może prowadzić do ostrej odpowiedzi zapalnej.

Niemniej jednak, działanie odpowiedzi nieswoistej nie jest tak precyzyjne jak w przypadku odporności nabytej i nie zawsze daje możliwość usunięcia wszystkich obcych antygenów.

Odpowiedź swoista jest ostatnią, trzecią linią obrony, która uruchamiana jest wlaśnie w momencie, gdy mechanizmy odpowiedzi wrodzonej nie podołają zwalczeniu patogenów. Jest ona odpowiedzią ewolucyjnie młodszą, występującą wyłącznie u kręgowców. Charakteryzuje się ona swoistą pamięć, wytwarzaną w trakcie uprzedniego kontaktu z antygenem. Za to specyficzne rozpoznanie patogenów odpowiedzialne są komórki zwane limfocytami. Ponadto, charakterystyczne dla tego rodzaju odpowiedzi są dwa zjawiska - prezentacja antygenu oraz selekcja klonalna, które prowadzą do wyodrębnienia tych limfocytów, które rozpoznają dany antygen.

Te trzy linie obrony składające się na odporność wrodzoną i nabytą przede wszystkim różnią się charakterystycznymi receptorami i mechanizmami wykrywania cząsteczek. Zasadniczo inne są również komórki uczestniczące w rozwijanych reakcjach obronnych, chociaż istnieją również takie, które występują zarówno w reakcjach odpornościowych odpowiedzi swoistej, jak i nieswoistej (np. monocyty). Te podobieństwa oraz różnice sprawiają, że odporność wrodzona i nabyta współpracują, wzajemnie się uzupełniając i tworząc system obronny organizmu.